Année UC123. Les événements de ce film se déroulent 30 ans après ceux de "Mobile Suit Gundam Char's Counter Attack". Un mouvement indépendantiste, reprenant l'idéologie révolutionnaire de Zion Zum Deikun, investit de force des spations spatiales. Sur l'une d'elles, Seabook Arno assiste à l'attaque et reste impuissant lorsque sa petite amie est kidnappée. Par chance sa mère est la responsable du programme Formula-91, un prototype de Mobile Suit révolutionnaire...
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